在秦小白的全力推动下，用股权分配的方式，将周水联盟的内部各个产业进行了一次全面的利益协调。周水重工、周水造船厂、周水矿业、周水药业、周水车业、周水航运一、周水航运二这种股权方式虽然更复杂，但是能够让联盟内部各个派系的利益更加平衡，把近十万玩家的经济利益紧密的连在一起。
在完成了经济利益分配之后，秦小白开始在周水联盟内部的权力分配上，也进行了一些局部的改进。
联盟议会依旧是最高的政权机构，集行政权、制度制定权、军权为一身。
依旧是一名议长，三名副议长。但是议会代表，则由各个行业代表，变成了改股之后各个大型工厂、商业企业、军队的代表。最大的改变，还是军队的权力分配。
周水安全部一直是5大军团32名行司马的模式，进行军权运作。
不过这种简单的军权分配方式，已经无法满足周水联盟进行一场全面作战的需要。随着周水的军队编制扩大，各个兵种增加，军权分配上显得有些混乱，谁应该出任什么位置，都没有明确的规章制度。5大军团之间相互争权，争功勋的事情时常生，这直接削弱了周水联盟的整体战斗力。
秦小白要解决联盟内部的派系山头，军权是其中地重要一个环节。
他跟安全部的千里不留行、成为王、血杀、神王、拔剑问天这五位军团长，以及五个军团的众行司马玩家们集体商议。众人同意对军队进行改革。决定将安全部正式更名为军部。
秦小白笑道：“军部隶属于联盟议会，根据联盟议长的指令进行设立。我看，军部暂时一共分为：最高统帅部、总参谋部、总后勤部；二个独立军部：6军部、海军部；三个独立战区：周水军事基地、塘沽口军事基地、旅顺口军事基地。”
众领们静静的听着。他们都很清楚，小白老大对利益分配进行洗牌之后，接着又继续对联盟军权的改组，无疑是要将五个军团派系进行一次全面的洗牌，减少内部地潜在消耗。这此洗牌直接涉及到众人的利益。但是谁能得益。谁会受到损失，就不好说了。他们每一个人都必须打起十足的精神，考虑小白老大的每一句话。小白对军部的划分，显然是以职能基础，而不是以派系为基础。
秦小白一一打量着众人的神色，继续说道：
“下面，我提议一下各个部门的职权。最高统帅部：统一指挥周水联盟军队，拥有最高军事决策权。拥有各级军官的人事调动权。由我出任统帅。千里不留行、成为王、血杀、神王、拔剑问天，你们五位一同出任五副统帅。你们每人一票，我二票，六人七票一起作出战略决策。四票便能通过一项军事决策，也能否决一项军事决策。另，我个人单独拥有否决权。”
千里不留行等五人明显地松了一口气。小白拥有地军事权力依旧像以前一样强大，但是这次改革至少他们几人的权力基础没有被完全削弱，依旧拥有仅次于小白的军事决策权。他们中的四人合起来，拥有决策否决权。
他们暗暗松了一口，但是其他的行司马却并没有因此而乐观。军权的变动才刚刚开始。
秦小白继续道：“接下来。是总参谋部。总参谋部，负责各项战略、战役计划，拥有战术指挥权。总后勤部负责军队的后勤保障。采购、供应、运输等诸多方面，军事次级中枢。这两个部门都由最高统帅部任命，选举五位副总统帅之一分别出任总参谋部长、总后勤部长。任期为一个月，允许连任。对于这两个部门，大家认为由谁出任较为合适？”
秦小白说完之后。会议室内马上有了反应。如果说最高统帅部是一级军权的话。那么总参谋部便是二级军权，后勤部便是三级军权。总参谋部。类似于过去的安全部长这个职务。
成为王、千里不留行两人，曾经在2月份、3月份先后出任过联盟的安全部长，现在已经是4月，自然不能再由他们两人出任总参谋长这个职位。剩下地，便是血杀、神王、拔剑问天三人，只有他们这三位副统帅有资格担任这个职务。
其中地拔剑问天，是后勤军团出身，是总后勤部长的合适人选。剩下的，只有血杀和神王，适合出任总参谋长。
血杀和神王双方的人马都清楚这个规则，纷纷提议，由血杀、神王中的一个出任总参谋长。这双方人马争执不下。秦小白也不方便直接进行任命，最后还是用众人投票方式，来决定谁出任总参谋长。
血杀以多4票的微弱优势，赢得了总参谋长的职务。神王一边地人有些怏怏不乐，但是考虑到血杀担任这个职务之后就是神王出任总参谋长，他们也没有多说什么。
血杀笑了笑，朝神王拱手表示承让，然后朝秦小白道：“小白兄，总参谋长地权限，具体有多大？”
秦小白沉吟了一下，道：“这次军事改革，是为了增强军队的作用，更加有效地进行作战。最高统帅部下达战略目标之后，总参谋部立刻负责拿出方案，策划、协调、指挥各个军队进行联合作战。总参谋部是策划部门，最高统帅部是决策部门。从程序上来说，必须是最高统帅部军令，才能调动一支军级单位军队。总参谋部无权调动军级单位军队。”
在场的众玩家们听完秦小白的叙述之后。马上明白过来，总参谋部被定义成了一个辅佐机构，自身并没有太多地权力，集中在最高统帅部。而最高统帅部的军权又高度的集中在六人的身上。
血杀并没有因为出任总参谋长而增加太多的作战权力。
血杀点了点头，道：“也就是说军队的作战权力高度集中于最高统帅部。但是一旦生战争，一道决策需要来回通过几个部门，效率上恐怕很难保证这会不会有影响？”
秦小白并没有做任何让步。道：“这是保证最高统帅部权威的必要手段，对效率虽然有一定地影响，但这也是必须承受的，否则权力过度下放至总参谋部，战争的进展程度很容易失控。其他几位副统帅以为呢？”
神王笑道：“我赞成小白老大的规则。”
随后，包括千里不留行、成为王、拔剑问天在内，等都赞同秦小白的这项决议，以免总参谋部权势过大。造成血杀的权力膨胀。
这是一个微妙的平衡。如果是他们出任总参谋长。无疑会希望总参谋部的权力能够大一些。可惜不是，现在是血杀出任总参谋长，他们只会希望总参谋部地职权能够小一些，再小一些。
六人，必然有五人不赞成赋予总参谋部过大地权力。另外还有总后勤部，也同样受到高度的限制。调度物资的权利集中在统帅部，总后勤部只是负责执行。
血杀对此心知肚明，也无法说什么。
关于总参谋部和总后勤部的决议通过。血杀、拔剑问天担任总参谋长、总后勤部长。
秦小白道：“接下来是二个军部：6军部、海军部。6军部，现在包括10支青铜骑兵、1支步兵军队。海军部，现包括3支海军舰队。每支舰队50艘斗舰。我所说的军级单位。便是指的10支骑兵、1支步兵、3支舰队这几支军级军队。
这些军队分别部署在三个基地：周水基地、塘沽口军事基地、旅顺口军事基地。周水军队基地，拥有5支青铜骑兵。塘沽口军事基地，5支青铜骑兵、1支万人步兵军队、2支海军舰队共100艘斗舰4万兵力。旅顺口军事基地：1支海军舰队，50艘斗舰2万兵力。”
说到这里，他扫视了众人一眼，忽然用冷峻的声音道：“我知道在座的诸位兄弟都有一个习惯，那就是一旦自己出任某个重要的职务。马上使用自己的嫡系人马周水联盟内部地各支军队。基本上被诸位地嫡系人马给瓜分光了。”
这句话如同一个重磅深水炸弹，把会议室内的众领们给顿时炸的心头一震。震惊惊讶的目光看着秦小白。这在周水联盟其实是一种普遍的现象，他们并不担心因此而受到什么惩戒。但是谁也不知道小白现在忽然说这个是打算干什么，是想打破这种格局？采用新的秩序？他们无法猜透小白的心思，一时间心中忐忑不安。
秦小白一挥手淡声道：“不用紧张。我并不反对这种做法，这很寻常，其实我自己也不自觉常常这样做。使用嫡系，能让我们在最短地时间内掌握局面，充分调动各方面地资源，这是这种做法的好处。坏处，便是每个人地嫡系多了，自然派系山头太多，这很容易带来太多的阻碍和对抗。任何一项政策，都可能遭到阻力。
我今天把这个问题挑明了，就是把一个规矩立起来。
有嫡系、有派系山头，这个没问题。但是必须服从调配，不能搞派系对抗。如果把某位兄弟调离了某个职务，那么把你的嫡系人马都带走，换到新的位置上去，方便由续任的人全面进行接任。为了对各个派系进行激励，需要加强各个部门的人员流动性，能上，不能下。最高统帅部要对每一支军队进行人事调动，希望在场诸位兄弟进行配合，不要因此而产生抵触情绪。”
众玩家们笑了起来。
山海大声道，“小白老大吓我一大跳呢，咱保证服从最高统帅部的安排。需要怎么调动，只管说！”
秦小白点了点头。
会议室内的众人开始进行人事调动。每一支军队其实都已经有了指挥官，这次是对各个指挥官进行更换，避免同一名指挥官长期待在同一个位置上，缺乏激励、晋升、降级，造成懈怠。
经过一番调整。
6军部：暂无人选。由最高统帅部代行职权。
海军部：暂无人选。由最高统帅部代行职权。
周水城寨，由“笑傲”出任防区指挥官，统领5支青铜骑兵
塘沽口城寨：由“紫云”出任防区指挥官，统领5支青铜骑兵军、1支万人步兵。
塘沽口海军基地，由“青衣如水”出任指挥官。“迷茫”、“无敌战将”两位属于32名行司马玩家，分别出任驻扎在塘沽口的海军舰队1、2编队的指挥官。
旅顺口要塞、旅顺口海军基地，由“流氓不是罪”出任防区指挥官，兼出任驻扎在旅顺口的海军舰队3编队指挥官。
经过一番调整之后，原先的五个大军团派系山头逐渐被打破分散，形成了单独的小势力，不再有明显的界限。各个新上任的军队领，开始前往周水、塘沽口、旅顺口各地赴任，调回原先的指挥官。
最高统帅部、总参谋部、总后勤部的编制也开始建立起来，都设在塘沽口城寨内进行办公。尤其是总参谋部和总后勤部这两个部门需要大量招募玩家人员，进行扩编运作。
让周水联盟的军部上下成员感到震惊的是，流氓不是罪才刚刚乘船抵达旅顺口接替大鹏展翅的职务，一件足以影响整个渤海的海上军事冲突便爆了——我行我素的海盗团伙驾驶着十艘轻型海盗斗舰，在山东一带打劫沿海商船的时候，遭遇到了一支来自青岛的护卫商船的舰队，一场海战顿时爆。
海盗跟商船护卫舰队打起来并不稀奇，问题是，这场冲突把周水联盟也给卷了进去。
周水联盟的军队实行4等12级军衔制度：元帅、将官、校官、尉官
最高统帅部的统帅、副统帅，是称谓，不是军衔。